Python 3.4

機械学習や科学計算などの分野では Python がよく用いられる。Python は文法が簡単で、初心者に親しみやすい言語でありながら、非常に強力な機能を提供するプログラミング言語といえる。このページでは、科学計算、統計やグラフの描き方などのデータ解析を中心に取り扱う。

核酸あるいはタンパク質の配列解析や BioPython などバイオインフォマティクス関連は同サイトの bioinformatics で取り扱っている。

インストール

Linux

Linux に Python 3 とその関連ツールを apt-get コマンドでインストールする。

sudo apt-get install python3
sudo apt-get install python3-dev
sudo apt-get install python3-pip

次に、重要なモジュールをいくつかインストールする。

sudo pip3 install numpy
sudo pip3 install scipy
sudo pip3 install pandas
sudo pip3 install cairocffi
sudo pip3 install matplotlib

Ubuntu と Python3 の組み合わせの場合、matplotlib を利用してグラフを描く際にエラーが起こることがある。このとき、以下のように Ubuntu のパッケージとして配布されている matplotlib をインストールすればよい。

sudo apt-get install python3-matplotlib

Macintosh

Mac OS X を利用する場合は brew コマンドで Python 3 とその関連ツールをインストールする。

brew update
brew install python3

次に NumPy などのモジュールをインストールする。

sudo pip3 install numpy
sudo pip3 install scipy
sudo pip3 install pandas
sudo pip3 install matplotlib